我が国には、知られているだけで9万種以上、分類されていないものも含めると30万種を超える生物がいると推定されています。狭い国土面積にもかかわらず、たくさんの種類の生物がいます。他の地域には見られない「固有種」の比率が高いことも特徴で、陸にすむ哺乳類の約4割、両生類の約8割が固有種です。
また、国土の3分の2を森林が占め、先進国で唯一野生のサルが生息していることをはじめ、クマやシカなど数多くの中大型哺乳類が生息する豊かな生態系を有しています。
しかしながら、沿岸の埋め立てや都市的土地利用への転換面積は減っておらず、実に、は虫類、両生類、汽水・淡水魚類の3割強、哺乳類、維管束植物(草や木)の2割強、鳥類の1割強の種に絶滅のおそれがあります。